单纯善良的北白川玉子（洲崎绫 配音）、外刚内柔的常盘绿（金子有希 配音）、我行我素的牧野神奈（长妻树里 配音）和外冷内热的朝雾史织（山下百合惠 配音），四位好友相互陪伴，度过了人生中最快乐的三个年头，如今，毕业季在即，面对尚且处于迷雾之中的未来，四个女孩心中有着隐隐的不安，但更多的，还是对日后生活的希冀和幻想。

在一座远离大都会吵闹喧嚣的平凡小镇，不甚兴旺的兔子山商业街内，生活着一群可爱有趣的人。故事的女主角北白川玉子（洲崎绫 配音）是当地饼店“玉屋”的长女，她性格活泼随和，擅长制作饮食，与对门面饼店“大路屋”的儿子大路饼藏（田丸笃志 配音）是一对青梅竹马，不过两家的爸爸是典型的同行冤家，彼此一见面便战火不断。这一日，玉子在花店意外发现一只会说话的鸟（山崎巧 配音）。鸟自称来自南方，肩负着神秘使命。鸟的到来自然为玉子和周边人的生活增添不少乐趣，而快乐浪漫的青春校园生活又令人心驰神往。

晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。　　为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量…