晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。　　为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量…

枪杀刑警片冈后，大友（北野武 饰）在韩国代理人张会长（金田时男 饰）的庇护下亡命济州岛。这个远离日本江湖的极道，却因某起事件和花菱会少壮派花田（皮埃尔泷 饰）起了冲突。此时花菱会由前任会长的女婿野村（大杉涟 饰）统领，作为若头的元老西野（西田敏行 饰）则根本不买这个外行老大的账。故而，怀恨在心的野村密谋借此次“济州岛事件”除去西野，并嫁祸张会长，谁知却很快演变成互相追杀彼此首脑的大战争。战争期间，没落的山王会图谋再起，而为给小弟报仇的大友也带着市川（大森南朋 饰）等人来到东京。秉承着仁义之心的大友，将为这个利欲熏心的黑道修罗场带来一场血腥风暴……                                                                      本片为北野武“极恶非道”系列三部曲的最终章。