《新世纪福音战士》电影版第1部。分为“DEATH篇（死亡篇）”与“REBIRTH篇（新生篇）”两个部分。“死亡篇”以原TV版动画第1集到第24集的内容为基础，重新剪辑了一个总结篇。“新生篇”内容承接第24集内容：

单纯善良的北白川玉子（洲崎绫 配音）、外刚内柔的常盘绿（金子有希 配音）、我行我素的牧野神奈（长妻树里 配音）和外冷内热的朝雾史织（山下百合惠 配音），四位好友相互陪伴，度过了人生中最快乐的三个年头，如今，毕业季在即，面对尚且处于迷雾之中的未来，四个女孩心中有着隐隐的不安，但更多的，还是对日后生活的希冀和幻想。

平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。

小杰富力士（潘惠美 配音）自幼失去双亲，由婶婶抚养长大，自由的大海和幽深的森林培养了他得天独厚的敏锐和豁达。长大后的小杰偶然得知，自己的父亲并没有死亡，并且留给了他一个任务，这个任务就是：成为“猎人”，然后找到他。“猎人”，那个时代最风光的职业，经过层层挑战千挑万选，只有最最优秀的人才能够获得猎人执照，而有了这张执照，便可以在这个凶险的世界里更自如的生存下去。为了追随父亲的脚步，小杰上路了。这一路暗礁重重，但是小杰凭借自己的本能结识了优秀的朋友，志愿成为医生的雷欧力（藤原启治 配音），最后一个窟卢塔族酷拉皮卡（泽城美雪 配音），还有他这辈子最重要的同伴奇犽（伊濑茉莉也 配音）。此外，那宿命中的敌人们也出现了——幻影旅团。本动画为2011年MADEHOUSE公司的重制版，剧情上和旧版没有区别，但启用了全新的声优阵容，在制作上也更加的精美细致

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验…… 　　本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。