Cherry是个不善与人交谈、一直戴着耳机的少年，他喜欢把无法说出口的心情寄托于俳句中。Smile是个为了把矫正中的大门牙挡起来而一直戴着口罩的少女，身为人气视频上传者的她，看到可爱的东西就会发布视频。这样的两个人在商场相遇了，交换了联系方式开始聊天。他们在一起打工的地方，遇见了一个叫藤山的老人，后来还得知了老人一直在寻找某张唱片的原因。他们决定一起寻找唱片，而两人之间的距离也越来越近。但当某件事情发生之后，两人的想法出现了分歧。

如果是为了你的话，我可以成为任何东西——。

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验…… 　　本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。