此去经年，窟卢塔族惨遭灭族的伤痛依然时时折磨着最后的遗民酷拉皮卡（泽城美雪 配音）的身心。在追寻幻影旅团的旅途中，酷拉皮卡竟意外重逢当年的本族好友Bairo，谁知却被对方夺去了号称“七大美色”之一的绯红之眼。他的遭遇经雷欧力之口，很快传到了奇犽（伊濑茉莉也 配音）和小杰（潘惠美 配音）的耳中。为了找到伤害朋友的真正凶手，他们四处追查对方的藏身之地，在这一过程中结识了美丽神秘的少女小列，同时遭到一群死亡人偶的攻击。另一方面，西索（浪川大辅 配音）突然现身酷拉皮卡和雷欧力面前，向他们揭示了凶手的真实身份。盘根错节的恩怨，拉开了一场惨烈战斗的序幕……　　本片根据漫画家富樫义博的同名原作改编，为该动画的首部剧场版。

小杰富力士（潘惠美 配音）自幼失去双亲，由婶婶抚养长大，自由的大海和幽深的森林培养了他得天独厚的敏锐和豁达。长大后的小杰偶然得知，自己的父亲并没有死亡，并且留给了他一个任务，这个任务就是：成为“猎人”，然后找到他。“猎人”，那个时代最风光的职业，经过层层挑战千挑万选，只有最最优秀的人才能够获得猎人执照，而有了这张执照，便可以在这个凶险的世界里更自如的生存下去。为了追随父亲的脚步，小杰上路了。这一路暗礁重重，但是小杰凭借自己的本能结识了优秀的朋友，志愿成为医生的雷欧力（藤原启治 配音），最后一个窟卢塔族酷拉皮卡（泽城美雪 配音），还有他这辈子最重要的同伴奇犽（伊濑茉莉也 配音）。此外，那宿命中的敌人们也出现了——幻影旅团。本动画为2011年MADEHOUSE公司的重制版，剧情上和旧版没有区别，但启用了全新的声优阵容，在制作上也更加的精美细致

奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。　　“回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。　　面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？”　　这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！”　　然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。　　如今，冒险再度进化……

缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。　　但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……　　“所以说过去的事情我不知道啦！”　　面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。　　对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。　　接下来，应该在数码世界做些什么才好——　　在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着——　　看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。　　此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。

世界的崩溃开始了。　　暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、　　用强大的力量进化成了秩序兽。　　根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。　　在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。　　现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。　　「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」　　加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。　　另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、　　并尝试施行干涉现实世界的最终计划。　　为了阻止毁灭的到来，被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。　　「所有的光芒，都汇聚在了缅因猫兽…」　　绝望的迪路兽向大家说到。　　孩子们做出最后决定的时候到了。　　被选中的孩子们，自己将选择怎样的未来？　　现在，冒险将再一次进化。