妖精的尾巴故事叙述在一个充满魔法的世界——“阿斯兰特（EARTH LAND）”中，位于菲奥雷王国的一个众多厉害魔导士云集的魔导士公会“FAIRY TAIL”。露西一直希望能加入，成为其中的成员。在纳兹的引导下，露西终于得尝所愿，并结识了许多厉害的魔导士。随后，露西跟纳兹、格雷、艾露莎和哈比组成“最强队伍”，在这个全世界最吵闹、最暴力，但也是最快乐的公会里，创造出数不清的传说的，借着各种委托人的任务而不断变强，伙伴也一个一个加入，故事就这样渐渐揭开……

在某个临海小镇，隶属魔导士公会下设分支机构“妖精的尾巴（Fairy Tail）”的纳兹·多拉格尼尔（柿原彻也 配音）、露西·哈特菲利亚（平野绫 配音）、格雷·佛尔帕斯塔（中村悠一 配音）等人接受委托，前来捉拿某盗贼团头领基斯。经过一番激战，虽然纳兹等人消灭盗贼团的大多数成员，可是基斯还是在露西面前溜走。心灰意冷的众人回到总部，露西则意外在途中救助了神秘少女艾克蕾娅（远藤绫 配音）。失去记忆的艾克蕾娅手持半块凤凰石，她隐约记得要前往一座森林。纳兹他们决定出手相助，谁知在旅途中不断有敌人向他们袭来，而他们的目标便是那半块引来无数纷争的凤凰石……

因为父母被调往了海外就职，不想跟着出去的相泽佑一（杉田智和 配音）寄宿到了阿姨水濑秋子和她女儿名雪家里。时隔七年，再次来到这个北国小镇的佑一本应有记忆点，可是真实的情况确是毫无记忆。在这个小镇，他邂逅了各色少女。有总是元气满满、迷糊的月宫亚由（堀江由衣 配音）；有擅长料理喜爱猫咪的名雪（国府田麻理子 配音）；有丧失掉记忆，总是对佑一纠缠不休的泽渡真琴（饭冢雅弓 配音）；还有佑一身体不好安静的学妹美坂栞（佐藤朱 配音）等。佑一和她们在北国小镇度过了欢乐的冬天，并且一点点拾回失去的记忆。而这失去的记忆里，有悲伤、悔恨、眼泪……经过时间的洗礼，伤痛在一点点愈合。冬天已走，春天不远。

喜欢天空，喜欢摄影的普通高中生森宫依人（冈本信彦 配音）和体弱的姐姐森工苍乃（中原麻衣 配音）相依为命。在一次拍摄天空的过程中，依人和命定的少女四方茉莉（能登麻美子 配音）相遇，这个活泼开朗的女孩让依人很有好感。因为一些意外，茉莉住进了依人的家，和依人的同学石月真名（本多阳子 配音）等也成为了好友。恰巧的是，真名的妹妹小依（清水爱 配音）和依人的姐姐苍乃住在同一家医院。于是，依人和真名等的联系更加紧密了。随后出现的一些事件，让依人认识到原来茉莉是传说中的“夜娲人”，拥有超强能力和不死之身，而许多事情的真相依人却还不知晓……

知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…　　同一災難引發了另一場悲劇：一位母親身受重傷而全身癱瘓，為了不拖累子女，她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面，他的孩子為了救母親，日以繼夜打工存錢，希望黑傑克為母親動手術。看著他們的身影，黑傑克不自覺想起自身的遭遇…　　兩位醫師，一位要致死，一位要救命，就在秘密之島「伊卡洛斯島」上，黑傑克與奇利柯將展開一場生死攸關的衝擊性對決。爆炸事件的內幕為何？系列史上的最大危機，正一步步向這位天才外科醫生逼近！