在某个临海小镇，隶属魔导士公会下设分支机构“妖精的尾巴（Fairy Tail）”的纳兹·多拉格尼尔（柿原彻也 配音）、露西·哈特菲利亚（平野绫 配音）、格雷·佛尔帕斯塔（中村悠一 配音）等人接受委托，前来捉拿某盗贼团头领基斯。经过一番激战，虽然纳兹等人消灭盗贼团的大多数成员，可是基斯还是在露西面前溜走。心灰意冷的众人回到总部，露西则意外在途中救助了神秘少女艾克蕾娅（远藤绫 配音）。失去记忆的艾克蕾娅手持半块凤凰石，她隐约记得要前往一座森林。纳兹他们决定出手相助，谁知在旅途中不断有敌人向他们袭来，而他们的目标便是那半块引来无数纷争的凤凰石……

草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。　　巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。

在一片宁静的小山村，少女渡濑明日菜（金元寿子 配音）时常站在山顶，用父亲留给她的神秘矿石作二极管，收听着来自外面世界的美妙音乐。在一次放学途中，明日菜遭到一头怪兽的袭击，关键时刻她被俊美少年瞬（入野自由 配音）救下，纯洁的友谊在少男少女之间开始萌芽。明日菜体味着友谊的甜蜜，却不知瞬在某天悄然离开人世。新来的男老师森崎龙司（井上和彦 配音）为孩子们讲述了死国的传说，明日菜这才意识到瞬正是来自另一个世界雅戈泰的人。森崎真实身份隶属某个神秘组织，他和明日菜的心中都有想要复活的人，于是经过一波三折，他们随着瞬的弟弟心一同来到了传说中的雅戈泰。

在封印的都市中被废弃的天象馆，误入其中的男人所见到的机器人少女，那是被繁星所引导的奇迹的物语。 那是世界大战之后不再降雨的世界。受到细菌武器的影响，而被人们抛弃了的最危险的城市【封印都市】。在某个百货商场的天文馆中，有一个机器人少女。她的名字是“星野梦美”。她是天文馆的 解说员，1年之中只有7日运行的损坏的机器人。就这样，少女在这30年间始终相信着会有某个人到访天文馆，一个人在这个没有其他人的世界等待着。然后，在第三十个年头醒来的那天，她的面前出现了一个男人。

在某国立大学念书的花（宫崎葵 配音）与偶然来校旁听的男子（大泽隆夫 配音）坠入爱河，即使对方是一名狼人，她也义无反顾投入对方怀抱。此后的岁月里，花先后生下女儿小雪和儿子小雨。谁知厄运突然降临，温柔的丈夫撒手人寰。柔弱而坚强的花竭尽全力抚养两个孩子长大，吃穿用度，衣食住行 ，无一不牵扯她的心思。而子女狼人的身份也迫使他们离开繁华大都市，前往宁静的山野乡村求生。他们在一栋古旧的民房内落脚，小雪顽劣张扬，小雨纤细内敛，姐弟俩以狼的身姿穿行于深山密林，享受着前所未有的快乐与自由。在此期间，以韭崎爷爷（菅原文太 配音）为代表的村民也给花一家带来无微不至的关怀。小雪和小雨渐渐长大，他们也终于迎来决定身份和前路的重要时刻…… 　　本片荣获第34届横滨电影节评委会特别奖和第36届日本电影学院奖最佳动画电影奖。