因为父母被调往了海外就职，不想跟着出去的相泽佑一（杉田智和 配音）寄宿到了阿姨水濑秋子和她女儿名雪家里。时隔七年，再次来到这个北国小镇的佑一本应有记忆点，可是真实的情况确是毫无记忆。在这个小镇，他邂逅了各色少女。有总是元气满满、迷糊的月宫亚由（堀江由衣 配音）；有擅长料理喜爱猫咪的名雪（国府田麻理子 配音）；有丧失掉记忆，总是对佑一纠缠不休的泽渡真琴（饭冢雅弓 配音）；还有佑一身体不好安静的学妹美坂栞（佐藤朱 配音）等。佑一和她们在北国小镇度过了欢乐的冬天，并且一点点拾回失去的记忆。而这失去的记忆里，有悲伤、悔恨、眼泪……经过时间的洗礼，伤痛在一点点愈合。冬天已走，春天不远。

幽灵军团的黄泉（中村秀利 配音）通过神秘的暗黑医疗术，复活了具有足以毁灭世界恐怖力量的魔物魍魉（加藤精三 配音），希望以此建立黑暗的千年王国。魍魉俯身于黄泉身上，随即命令幽灵军团攻打鬼之国，企图杀害具有封印魔物和预言死亡能力的巫女紫苑（藤村歩 配音），并准备夺回魍魉封印在沼之国的肉体。一旦魍魉的灵魂和肉体合二为一，世界将彻底灭亡。鬼之国遇袭的消息很快传到其他各国，叶隐村的忍者也被调动起来。鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、宁次（遠近孝一 配音）和小李（増川洋一 配音）受命前去保护紫苑。然而，鸣人却从紫苑的口中得到他将死去的预言……　　本片为《火影忍者》第四部剧场版动画。