故事从一份寄到家中的诡异视频开始。

异次元人亚波妄想侵占地球，炮制了一系列宇宙怪兽和地球生物合成的超兽。被称为第1号的超兽贝劳克恩在日本福山市登场。前去迎战的地球防卫军全军覆没。这时，在惨遭破坏的大街上，有二位把自己生命置之度外的青年，他们是面包房的驾驶员北斗星司和护士小姐南夕子。二人竭尽全力救援遇难的人们，但终于精疲力尽倒在瓦砾中……救了他俩的是艾斯·奥特曼。艾斯把自己的生命溶入了二人的体中。

在东京生活的江东佳奈（木村文乃）为了照顾受伤的舅公只身来到了京都。在京都生活多年的舅公大贺茂（近藤正臣）给了外甥女一份自己精心手绘的地图方便她在京都出行。这幅地图记录了一个对父辈而言韵味十足，对年轻人而言新奇特别的京都。谈笑风生，闲情漫步，只有小住片刻才能感受到京都深处的风情。在不同的地方遇到不同的人，佳奈在舅公手绘地图的指引下，渐渐放下心中防备，融入京都。

为了应对越来越复杂的恐怖行动，日本警方成立了独立于特殊急袭部队（SIT）和特殊搜查班（SAT）之外的“第3个S”——警察厅特殊急袭搜查组（NPS）。NPS以逮捕嫌疑人为立足点，在平息暴乱的同时，最大限度保证嫌疑人的安全。由于这个奇怪的特性，因此NPS从成立之初就和SIT等兄弟部队多有龃龉。当然在历次行动过程中，热血警察神御藏一号（向井理 饰）和从SIT转来的头号狙击手苏我伊织（绫野刚 饰）培养出别样的友情。某日，东京发生巴士劫持事件，神御藏和伙伴们立刻出击，然而劫匪的行为举止甚为怪异。与此同时，一艘装载着足以炸毁日本的核燃料的货轮遭到劫持。空前的危机考验着NPS的各位……

再就職も決まり、長期出張で大阪に通うことになった佳奈。今回も秘密の京都に出かけ、不思議な場所と出会います。

由于父母离异，刚满10岁的忠志（神木隆之介饰）只好跟母亲来到乡下跟外公一起生活。一次偶然，忠志参拜神社时被选为“麒麟送子”。当地有个传说，被选为麒麟送子的孩子可在大天狗山顶，拿到传说中大天狗守护的飞剑。传说那飞剑是用来维护和平的，伙伴们揶揄他不敢上大天狗山取麒麟送子的宝剑。他在尝试一半后，被吓回来。　　另一方面，千年魔人加藤保宪（丰川悦司饰）复活，他利用废旧物品的怨气，将其与抓来的妖怪们扔到大怨灵炼火中融合形成邪恶的怪物军团，并率领它们企图毁灭人类。在山神、河童和川姬等妖怪的努力下，忠志通过了考验。为了保卫世界，忠志决定和妖怪们齐心合力，和大恶人决一死战，妖怪大战争正式展开！