炎炎夏日来到，春日恭介（古谷徹 配音）和鲇川圆（鶴ひろみ 配音）却迎来人生中最重要的时刻。大学入学考试在即，他们为了心中理想的学校各自努力。与此同时，春日和鲇川心中的默契与日俱增，只是谁也不知道明天将会如何。另一方面，开朗天真的桧山光（原えりこ 配音）参加歌舞剧的选秀，渴望有朝一日走上纽约的中央舞台。眼见心爱的春日终日忙碌，自己却不能施以援手，这个纯洁的少女只能送上甜甜的香吻作为鼓励。这样的小举动当然会令心思缜密的鲇川发觉，她和春日由此陷入冷战，而这段三角恋情似乎也到了即将摊牌的时刻……　　本片根据まつもと泉的同名漫画原作改编。

照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日，神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹（释由美子 配音）的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯（折笠富美子 配音）时遭遇小智并受挫，贪欲将带给水都史无前例的灾难……　　本片为神奇宝贝系列第五部电影剧场版。

千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。　　虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。　　不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？

在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍。小超一看到神奇宝贝顿时吓坏了，但听到它的求救声便镇静下来。原来它的同伴负电拍拍被陷进垃圾桶里无法挣脱，小超决定帮忙。当他打开垃圾桶盖时，忽然负电拍拍迫不及待地冲出来！小超又吓坏了，不由自主地想要逃离现场，这时忽然小卡比兽也从垃圾桶冒出来！可怜的小超就这么昏过去了。之后小智赶来发现不省人事的小超，便用尽方法想把小超叫醒。小超苏醒后却不高兴地嫌小智多管闲事（背景的小卡比兽则捡着垃圾吃）。此时小遥、小刚、正太、阿隆、一位女性和两位双胞胎女生也赶到，而小智正催促小超赶快逃难。但小超还来不及动作，忽然一束死光射到他们附近的地面，把大家吓得魂飞魄散！大家惊魂甫定时，小超告知有个地方可以躲难，一行人便跟了过去。

草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。　　巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。

在宇宙的神秘角落，令界王神都闻风丧胆的可怕神明悠悠苏醒。他是破坏之神比鲁斯（山寺宏一 配音），漫长的39年沉睡中，比鲁斯梦见与传说中的赛亚人之神对决，而弗利萨被消灭的消息也引起了他对赛亚人的兴趣。为此，他和随从维斯（森田成一 配音）来到了界王星，寻找打败弗利萨的孙悟空（野泽雅子 配音）。孙君不顾界王（八奈见乘儿 配音）的劝阻，斗胆向比鲁斯发起挑战，结果遭遇实力悬殊的惨败。为求赛亚人之神的真相，比鲁斯再度造访地球。此时Z战士们正齐聚西部城市为布玛（鹤ひろみ 配音）庆生，派对上的美味食物引起比鲁斯和维斯的极大兴趣。事先知情的贝吉塔（堀川りょう 配音）小心应付，以防破坏之神毁灭地球，但是意外与战斗还是不可避免地发生了……　　传说中的赛亚人之神是否真的存在？地球的命运将会如何？

炎炎夏日，为了找到所向披靡的独角仙，大雄（大原めぐみ 配音）痛哭流涕，对哆拉A梦（水田わさび 配音）软磨硬泡。无奈之下，哆拉A梦和哆拉美（千秋 配音）拿出时光圈，帮大雄在500年前的新西兰寻找独角仙，谁知却意外抓到了早已灭绝的恐鸟。为了不至于让恐鸟走向灭亡，他们决定将其送往奇迹之岛。奇迹之岛是由未来的科学家开发的专门用来收留、保护、研究灭绝动物的小岛，传说岛上有一只黄金独角仙，它可为当地的生物注入生命的力量。一波三折，大雄和小伙伴们来到了这里，并且结识了和大雄极其相像的神秘少年达凯（野沢雅子 配音）以及善良的洛科洛族。与此同时，一个黑心商人图谋抓住黄金独角仙……本片为哆拉A梦诞生前100年的纪念之作。

西元2133年，世界陷入荒芜与混乱，愚蠢的人类亲手用核武器摧毁了自己赖以居住的场所。硝烟与战火散尽之后，孕育着希望的新城奥林帕斯建立起来，高科技的产物生化人 隆重登场，充当着服务人类的重任，而ESWAT则担负起保卫世界和平的重任。在一次执行任务中，布里艾诺斯（山寺宏一 配音）为保护女友迪娜•纳兹（小林爱 配音）而身受重伤，之后ESWAT高层利用布里艾诺斯的基因制作了生化人特雷斯，并让他和迪娜组成新的搭档。虽然颇有抵触，但在一段时间的相处后，迪娜内心深处悄悄发生着变化。　　与此同时，各地接连发生机器人失控危及人类的情况，而他们使用的武器全部指向了重工业最大生产国波塞冬。奥利帕斯高层研究加强对通信卫星的监控，突然之间，ESWAT内部经过改造的半机械人也失去控制。新的危机呈现，迪娜面临重大的抉择…

在天下失序、列强割据的战乱时代，僧人祥庵将一名孤儿从中国带到了日本。孤儿名叫仔太郎，他背负着一个惊人的秘密。与祥庵失散后，孤苦无依的仔太郎带着爱犬飞丸前往赤池之国的万觉寺，在途中遇见了神秘剑士“无名”。仔太郎遭到追杀，危急时刻无名救了他一命。从此两人结伴同行。性格乖僻的浪人和紧闭心扉的少年虽然磕磕碰碰不断，但渐渐成了好朋友。　　白鸾率领的追杀组织还是抓住了仔太郎，他们开始着手筹备某种仪式。金发碧眼的剑士“罗狼”也是追杀组织中的一员，他虽然听命行事但并不真正在意组织的目的，对他来说，寻找可以与自己匹敌的对手才是生命的意义。罗狼与无名之间的生死对决拉开了帷幕…

正在进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）、小遥（KAORI 配音）和小正（山田ふしぎ 配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美（眞鍋かをり 配音）及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普（藤岡弘 配音）夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败，他将与洋美、小精灵护林员杰克（山寺宏一 配音）以及小智一行展开激烈的正邪争夺战……　　本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。