【原案】中川翔子

在这个地球上，有很多外星来客已悄悄潜伏在人类的身边，他们或善良或邪恶，只是地球人从未察觉而已。在地处偏远的山形，擅长棒球的筒井雪隆（细谷佳正 配音）进入当地如月高中求学。当他打开公寓门的一刹那，却见到一个一头金色长发的男子。事后得知，此人是多古拉星第一王子马鹿•基•艾尔 •多古拉（浪川大辅 配音），因飞碟意外坠毁而失去记忆。面对这个经常装出一脸无辜却惹出麻烦不断的王子，雪隆真是伤透了脑筋。与此同时，对王子存有深深怨念的戈拉夫特（子安武人 配音）找到地球，他们不知不觉进入一个精心布好的谜局之中。当然，智商超高且品质极其恶劣的多古拉王子，他的地球之旅远未结束，原色战士Color Ranger、寻找一见钟情恋人的外星公主、逼婚新娘，不同星球的来客点缀着地球人的平凡生活……

在宇宙的神秘角落，令界王神都闻风丧胆的可怕神明悠悠苏醒。他是破坏之神比鲁斯（山寺宏一 配音），漫长的39年沉睡中，比鲁斯梦见与传说中的赛亚人之神对决，而弗利萨被消灭的消息也引起了他对赛亚人的兴趣。为此，他和随从维斯（森田成一 配音）来到了界王星，寻找打败弗利萨的孙悟空（野泽雅子 配音）。孙君不顾界王（八奈见乘儿 配音）的劝阻，斗胆向比鲁斯发起挑战，结果遭遇实力悬殊的惨败。为求赛亚人之神的真相，比鲁斯再度造访地球。此时Z战士们正齐聚西部城市为布玛（鹤ひろみ 配音）庆生，派对上的美味食物引起比鲁斯和维斯的极大兴趣。事先知情的贝吉塔（堀川りょう 配音）小心应付，以防破坏之神毁灭地球，但是意外与战斗还是不可避免地发生了……　　传说中的赛亚人之神是否真的存在？地球的命运将会如何？

位于卡洛斯地区有一座和谐宁静的地下王国——钻石王国。调皮可爱的精灵公主蒂安希（松本真理香 配音）备受宠爱，然而她似乎并未拥有让维持着王国运行的神圣钻石继续产生能量的能力，为此她在长老的指点下启程前去寻找传说中的精灵哲尔尼亚斯（三田佳子 配音）。因为拥有制造钻石的能力，蒂安希在路上遭到了女贼玛丽莲（足立梨花 配音）、忍者盗贼莱欧特（山寺宏一 配音）以及火箭队三人组的刁难，关键时刻多亏小智（松本梨香 配音）出手相助才让她化险为夷。在此之后，公主和小智他们一路同行，几经辗转终于来到了哲尔尼亚斯所在的森林。但是，与这个具有赋予生命能力的传奇精灵并列的，还有一个能够带来死亡的可怕精灵。　　全新的冒险就此展开…

小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。 　　在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚子（佐藤刊里 配音）与宗次（本乡奏多 配音），并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士...” 　　本部剧场版是《神奇宝贝》动画系列的第二十部电影。该部电影的剧情是系列动画第一集《神奇宝贝！就决定是你了！》的改编，描述小智与皮卡丘踏上成为宝可梦大师的冒险之旅。