小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。　　在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚子（佐藤刊里 配音）与宗次（本乡奏多 配音），并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士...”　　本部剧场版是《神奇宝贝》动画系列的第二十部电影。该部电影的剧情是系列动画第一集《神奇宝贝！就决定是你了！》的改编，描述小智与皮卡丘踏上成为宝可梦大师的冒险之旅。

　　内向羞涩的日高拓也（水桥研二 饰），暗恋同样隶属北绫高中剑道部的美丽少女北原纱月（つぐみ 饰），由于羞于启齿，拓也只能对着纱月的随身物品和相片自渎，以解相思之苦。因偶然机缘两人确立恋爱关系，不过却因为纱月发现拓也偷录自己小便时的声音而导致恋情破裂。　　分手后，纱月很快便和剑道部前辈植松正一（草野康太 饰）相恋。孤独的拓也此时就像被抛弃的小狗一般，远远注视着纱月，而纱月似乎也从中体味到虐待的快感，从肉体到精神恣意折磨着拓也。他们畸形的爱情越走越远……　　改编自喜国雅彦同名漫画作品。

　　故事描写了一对由于灵媒体质而被妖怪纠缠的姐妹，姐姐静流的能力是“见鬼”（看得到妖怪）而妹妹瑞生则是“凭巫”（容易被妖怪附身），而他们可以徘徊于阴阳两界。　　不知怎样培育这两个孩子的家庭，决定把他们托付给乡下的祖父母。在乡村平静的生活中，两姐妹从祖父母还有村民那里学习了与妖怪以及自然共存的重要意义，还理解了过去的人们尊重鬼神、敬畏自然的想法，通过植根于乡村生活中的风俗习惯掌握了现代人早已忘记的“珍贵的东西”。