由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。　　就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中，本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来，理树也逐渐敞开了紧闭的心门，找回了久违的快乐。他开始明白，只要有一颗开朗向上的心，这样的生活一定能够继续下去直到永远。

存在于分为13个自治区的王国中的，巨大统一组织“ACCA”。 由于过去的政变危机而结成的ACCA，已持续守护了国民的和平百年之久。 ACCA本部监察课副课长吉恩·奥塔斯，是个有着“蹭烟的吉恩”这一绰号的、组织里头号难对付的男人。 他一边漫不经心地抽着烟，一边走遍13区进行对不法行为的视察。 盯上这样的吉恩的视线、危险的传闻以及——点心时间。 吉恩的和平日常，慢慢被卷入世界的阴谋！