某日，小新（矢岛晶子 配音）、小葵和美伢（楢桥美纪 配音）被一群神秘人物绑架，醒来之后发现身处一间神秘的基地之内，原来，这里是名为“温泉G组”的秘密组织，意在保护对于日本来说十分珍贵的温泉。然而，横空出世的污垢达人博士（家弓家正 配音）企图利用“地球温泉计划”将温泉G组彻底击垮。

某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的神秘人物忽然现身，紧接着，一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一起消失在了空中。

动感超人的动感石头被泳装魔王抢走了，因而无法回到原来的世界，于是指派小新一家人成为动感战士前往另一个世界，这时另一个世界的人纷纷被变成泳装人，小新听了莉莉和博士的说明后，决定协助动感超人克服危机，他和动感超人能打败魔王挽救地球的和平吗...

某日，小新（矢岛晶子 配音）在河堤上捡到了一瓶神秘的液体，把它带回家放在了冰箱里。哪知道美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）在无意之中将其喝下，隔天竟然变异成为了动物。之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，竟然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一 配音）。原来，四膳首是一位激进的环保主义着，妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物，而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物，四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚（后藤邑子 配音）的帮助下，小新一行人成功出逃，他们和春日部防卫队一起，决心破解四膳守的阴谋。©豆瓣

某日，小新（矢岛晶子 配音）在街上遇见了一只黑色的小狗，因为它和小白犹如一个模子里刻出来一般相像，小新将它取名“小黑”，带回了家。之后，一位名叫普莉林的美丽女子出现在小新的面前，普莉林告诉小新，他是被选中的勇者，黑暗世界库莱顿的大门已经打开，若小新再不行动，整个世界就将要被卷入阴谋和毁灭之中。 　　果不其然，美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）接连遭遇不幸，这说明，黑暗的力量变得越来越强大，少年麻达的到来给小新带来了新的希望，他的职责，就是保护勇者小新的安全。在麻达的鼓励和帮助之下，小新拿起了武器走上了战场，他所要面对的不仅仅是层出不穷的敌人，还有强大而且邪恶的幕后黑手。