《先遣连》是以当年新疆军区独立骑兵师一团一连进军西藏阿里的先遣连为原形的电影。

蛰伏于群山之中的一支导弹劲旅——东方旅，有着壮国威、振军威多次出色完成导弹发射任务的光荣历史。面临转型任务的严峻挑战，36岁的博士旅长江昊带着一批经过刻苦磨砺的高学历军官，充实到了东方旅，而正团4年之久、面临提拔还是转业两种选择、时任东方旅代旅长的宋雨生改任副旅长。历经新旧模拟训练器材、训练观念的强烈碰撞，部队转型训练在艰难曲折中奋力跋涉。

1948年，国共两党的抗争已达到白热化阶段，天下大势虽初现端倪，却也恰恰处在极为凶险，丝毫容不得有任何闪失的关键时刻。九月的一天，一名中共地下党员在沪落网并叛变，为求自保其意欲向时任上海国民政府中央情报第八局的局长谭忠恕（林永健 饰）供出一名重要卧底，此举无疑关系着我党革命的成败。谭此前和我党传奇特工水手有过多次交手经历，此番他胜券在握，而一连串的变故令其意识到敌我双方泥潭之凶险。与此同时，谭为了阻止药品大亨庄文清手中的药品落入解放军之手，透过儿子的校长段海平（陆剑民 饰）实施摩西计划；极富野心的第八局行动处长李伯涵在疯狂追查共党卧底的过程中，则将矛头指向谭最信任的总务处处长刘新杰（吴秀波 饰）。