第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。

　　上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该

艾德娜（罗苹·纳文 Robyn Nevin 饰）虽然年事已高但一直过着独居生活。一天，她的女儿凯（艾米莉·莫迪默 Emily Mortimer 饰）和孙女山姆（贝拉·希思科特 Bella Heathcote 饰）接到了警方的来电，告知了她们艾德娜失踪的消息。震惊之余，两人急急忙忙的赶回了祖宅。 搜索行动刚刚展开没多久，艾德娜竟然自己又出现了。对于失踪的这几天的经历，艾德娜只口不提，大家也只能够以她换上了阿兹海默症来解释这一切。艾德娜的回归让大家都松了一口气，但谁知道悲剧才刚刚开始，回家后的艾德娜一改往日的心性，就仿佛变了一个人一样，有时候她的举动甚至让凯和山姆感到恐惧。