尼路路星球人美儿（渡边菜生子 配音）和爷爷他们乘坐的太空船发生故障，落到了阿尔卑斯山脚下的一个小岛上，从此留下来生活。尼路路星球人把高档猫当成敌人，每天都在训练防止受到侵犯。活泼善良的美儿每天除了训练外，还和小鸟们玩耍每天都非常快乐。后来美儿和小伙伴们外出玩时，看到了一座漂亮的大房子里因哮喘病发作刚刚死去的玛利亚（安田亚希江 配音），美儿眼泪滴到了玛利亚的脸上救活了她（尼路路星球人少女的眼泪是生命之泉），从此成了好朋友。玛利亚从小就体弱多病，两岁时母亲去世，父亲工作太忙经常不在家，只有潘妮老师在家陪她，使她变得越来越孤独忧伤，活泼开朗的美儿的出现，会使玛利亚今后的生活发生哪些惊奇变化呢？

莉丝妲黛（丰崎爱生 配音）是刚刚上任没多久的新手女神，可这样的她要面临的，是难度为S级别的拯救世界的任务。为此，莉丝妲黛召唤出了名为龙宫院圣哉（梅原裕一郎 配音）的勇者，让莉丝妲黛松了一口气的是，圣哉丛数值上来看属于那种超强的勇者，可很快，他就暴露了他唯一，但也是致命的弱点——过于慎重的个性。

小智（松本梨香 配音）一行人在海上遇见了危险的风暴，流落到了橘子群岛中的亚西亚岛上，这里即将举行热闹的大型庆典，而小智在意外之中遇见了庆典的圣女弗卢拉（平松晶子 配音）。弗卢拉选中了小智作为庆典的“指挥者”，他的任务是前往三圣岛，找到隐藏在岛上的玻璃球。只有集齐三颗玻璃球，才能够正式开启庆典。

宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...

与冥王哈迪斯惨烈战斗终于结束，世界再次回到光明之中。但对于圣斗士来说，却伤亡何其惨重。黄金圣斗士全部阵亡，星矢虽然在最后的决战中侥幸逃生，却落得五感尽失，形同废人。　　然而，这来之不易的和平却无法持续太久，在经历了撒加叛乱、海神波塞冬、冥王哈迪斯等危机之后，另一支邪恶之手也向人类世界伸来。这便是太阳神阿波罗——女神雅典娜的哥哥。他此番带领神斗士前来，企图将人类消灭。对于雅典娜及其麾下的圣斗士来说，这是前所未有的大危机…