21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。　　但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。　　拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。　　另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。

系列第三部 最终话 Netflix　　大门开启，黄金的刻印切裂星球。　　21世纪初，被哥斯拉夺走了地球的人类，将一部分人类送往其他恒星系移居，但这一计划以失败告终。失意地回到地球的人类，面对的是两万年后巨变的地球。　　一切动植物都拥有哥斯拉细胞，化作“怪兽行星”的地球。君临于此的，是身高超过300m的史上最大哥斯拉“哥斯拉·地球”。　　燃起讨伐哥斯拉执念的主人公晴男，与人类的子孙种族弗图亚相遇。晴男等人在弗图亚双子姐妹玛伊娜和米亚娜的引导下，发现仍在持续增殖的对哥斯拉决战兵器·机械哥斯拉的残骸。他们使用构成残骸的纳米金属，令武装要塞都市“机械哥斯拉都市”启动，向“哥斯拉·地球”发起挑战。

因自神时代以前就传承下来的【神月祭】而沸腾的　　迷宫都市 欧拉丽——　　身为【小新秀】给都市带来热闹的冒险者贝尔·克朗尼　　及其主神赫斯缇雅，正置身于这喧嚣当中。　　将夜晚的黑暗照亮，并淡淡地覆盖在各色各样的摊位和集会　　以及都市全体之上的月光。　　距离都市的喧嚣极为遥远的高空中，月亮静静地伫立，只是在那里等待着。　　等待着英雄的诞生，以及全新冒险谭的开始——

少女成濑顺（水濑祈 配音）有着一段不堪回首的童年往事，曾经，年少无知的她因为口无遮拦，导致了家族的悲剧，而她本人亦被封印了言语，无法再开口说话。这样的顺终日生活在悲伤之中，和所有人都保持着距离，紧紧的关闭上了心门。　　某一天，浑浑噩噩迷迷糊糊的少年坂上拓実（内山昂辉 配音）、因为受伤而无法完成棒球梦想的田崎大树（细谷佳正 配音）、深陷令人苦恼的恋爱之中的拉拉队员仁藤菜月（雨宫天 配音）以及顺，这四人被老师任命组成了“地域沟通交流会”，他们要在交流会上表演一出音乐剧，可是班级里的大部分学生对此兴趣寥寥。在一片争执声中，顺突然出声，担下了演唱的任务。