小时候看过夏依妮·莎莉温的魔法表演后，梦想成为魔女的阿科，进入了与莎莉温相同的传统魔女育成名门校“露娜诺娃魔法学校”。

「キルラキル」「ニンジャスレイヤー フロムアニメイシヨン」といった話題作を手がける気鋭のアニメーションスタジオ・TRIGGERによるオリジナル劇場用作品。2013年、文化庁の若手アニメーター育成事業「アニメミライ」で発表された短編「リトルウィッチアカデミア」の続編となり、製作資金を米クラウドファンディングサイト「Kickstarter」を通じて募り、世界各国のファンから約7400万円が寄せられて実現した。幼い頃に見た魔女に憧れ、ヨーロッパの魔女育成名門校「ルーナノヴァ魔法学校」に入学したアッコだが、いまだにホウキにも乗れないどころか、騒動を起こしてばかり。罰として、友人のロッテ、スーシィと一緒に、魔女の歴史を再現したパレードに参加させられることに。パレードを成功させなければ落第は決定だが、どうせやるならハッピーなものにしたいと、アッコは街全体を巻き込んだパレードを計画するが……。