一艘巨大的外星无人探测器向地球航来，它不断地发出奇特的电波信号：功率强大的信号煮沸了海水，干扰了附近的星舰并造成了广泛的破坏。此时，詹姆斯·柯克中将与他的船员们在完成了让斯波克上校复活的任务后，驾驶着从克林贡人那抢来的猛禽舰（被改名为“赏金号”）从瓦肯星返航，尽管他们已经知道了将面临军事法庭的指控：他们被指控盗窃了联邦星舰进取号，并对她的毁坏负有责任。在此关头，尚在恢复中的斯波克发现这艘外星探测器正尝试与地球上的座头鲸建立联系；但不幸的是，早在3个世纪前座头鲸就因过度的捕猎而灭绝了。

　　美国南部的梅岗镇上住着父亲芬奇(格利高里·派克 Gregory Peck 饰)和他的一对儿女。尽管妻子已经亡故，一家人仍过得乐也融融，芬奇对儿女亦既严格又疼爱有加。父亲平时还对他们说过，不要杀死为人类唱歌的知更鸟，因为她们善良而从不伤害人。 　　芬奇除了是一个慈父，还是当地一名勇于伸张正义的律师。这天他接到一宗强奸案，被告是黑人罗宾逊（布洛克·皮特Brock Peters 饰），而受害者是一名白人女子。这样一个案件，在那个种族歧视相当严重的年代，罗宾逊的境况堪忧。即使芬奇找到了他没有犯罪的证据，也不足以让人们抛开种族成见。芬奇在法庭上奋力维护事实和法律的公正，然而却没能阻止人们根深蒂固的偏见。更糟糕的是，怀有种族偏见的白人已经把芬奇当作公敌，而罗宾逊也无法洗清罪名，更可悲的命运在等待着他。