本作承接《奥特银河格斗2：巨大阴谋》，讲述奥特英雄们与阿布索留特人之间惊动银河的命运之战。

高中生加藤胜（小野大辅 配音）和弟弟过着相依为命的生活，某日，加藤胜所在的地铁站遭到了无差别杀人犯的袭击，为了救人，加藤胜身中数刀不幸身亡，而当他再度睁开双眼之时，却发现自己完好无损的站在一个陌生的房间里，眼前是一个黑色的诡异圆球。

故事讲述一名被绑架的女孩([波多拉饰])消失在了黑暗超自然宇宙中，臭名昭著的罪犯英雄(凯奇饰)被派去解救她。他们必须打破束缚他们的邪恶诅咒才能逃避统治鬼域的神秘幽灵。

　　或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克（小栗旬 配音）却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。联合舰队长官伊索拉（森川智之 配音）指使自己的弟弟亚马（三浦春马 配音）混入阿尔卡迪亚号，探寻尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间，哈洛克率领船员向地球挺近，而联合舰队则在太阳系布下天罗地网阻挡他的步伐。遥远的故土，失落已久的真相，令所有人为之震惊…… 　　本片根据松本零士的经典科幻漫画改编。