拥有28万人口的三门市，其境内某天突然打开了一扇通往未知世界的大门。从大门的另一端，被称为“近界民”的怪物蜂拥而出。人类惊慌失措之余发现，地球现有的武器对近界民完全没有任何效果。危急时刻，神秘团体境界防卫组织“BORDER”出现击退近界民，三门市总算回归往昔的正常生活。如是过了四年半的时间，隐藏着作为“BORDER”成员身份的初中学生三云修（梶裕贵 配音）和转学生空闲游真（村中知 配音）相遇，而对方竟然是来自门另一头的近界民，此行的目的是为了找到自己的父亲。分出不同阵营的二人，注定要在命运的战争中激烈碰撞……

2006年7月にPlayStation2用ゲームソフトとして発売され人気を博した「ペルソナ3」の劇場版アニメーション。1日と1日の狭間に存在する「影時間」に出現する異形の怪物「シャドウ」。彼らに対抗できるのは、「ペルソナ」と呼ばれる特殊能力を持つ者たちだけだった。私立月光館学園に転校してきた結城理はペルソナの力に目覚め、同じペルソナ使いたちで構成される特別課外活動部に引き入れられる。しかし、部員たちはそれぞれの理由で影時間の真相を追う中、想像を絶する運命と対峙することになる。

死を知り、死を見つめ、死と向き合う。さまざまな出会いと別れを繰り返し、その度に、成長を遂げてきた結城理と仲間たち。その戦いは、世界のためではなく、自分自身のためだったのかもしれない。それでも、戦いの先に平穏な日々があると信じて彼らは戦い続けてきた。しかし、滅びは人類が背負うべき運命だと少年は言う。友人だと信じていた少年が、無情にも現実を突きつける。季節は冬へ。その先にある春を迎えるため、理が下す決断とは……。

2006年の発売から根強い人気を誇るPlayStation2用ゲーム「ペルソナ3」をアニメーション映画化した「PERSONA3 THE MOVIE」の第3章。季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。